治疗子宫内膜异位症的原则是，第一就是减小或者是清除内膜异位灶，第二个是减轻或者是治愈疼痛，第三就是促进或者改善生育，或者叫治疗不育，第四是尽量减少或者是杜绝复发。目前无论从国际还是从国内专家公认的对于子宫内膜异位症有三个最好的治疗。第一，腹腔镜是诊断和治疗的最好的办法。第二，卵巢功能抑制或者叫抑制卵巢功能是最好的子宫内膜异位症的药物治疗。第三，生育本身是子宫内膜异位症最好的生理治疗。
异位症较为理想的为激素类药物。由于其对肝肾功能有不良影响，用药期间应注意肝肾功能。
异位症手术治疗的方式主要包括以下几种：（１）腹腔镜微创手术，用于轻微内异症伴发不孕的患者，手术可操作病变很少。（２）保守性手术，切除肉眼可见病变。（３）半保守性手术，切除子宫，保留卵巢。（４）根治性手术，切除全子宫、双侧附件。保守性手术一般可以通过腹腔镜来完成。需要切除子宫的患者，通常症状明显，盆腔黏连重，以开腹手术比较安全。目前认为，手术治疗内异症的适应证主要为不孕和内异症囊肿。
手术治疗 对药物治疗有不良反应或无效者。保留生育功能手术，保留卵巢功能手术，根治性手术，腹腔镜下手术治疗，是近年国外较普遍采用的新技术，分为电凝、烧灼及电切或激光切除三种。初步观察术后妊娠率较高。
手术是治疗内异症引起不孕的标准化途径。腹腔内病灶被切除或烧灼后，输卵管周围的内环境包括激素及巨嗜细胞等免疫因素的改变均有利于受精卵的活动。手术同时可分离输卵管周围的黏连，加强受孕效果。有研究表明，手术干预后，较药物治疗或不干预者妊娠率高３８％。大多数妊娠出现在术后的１～２年内。一项准随机研究和５项队列研究的结果表明，与不治疗和药物治疗比较，腹腔镜手术后妊娠的ＯＲ为２．６７，提示有益于妊娠。Ｇｕｚｉｃｋ统计，腹腔镜激光手术后，总妊娠率为５６％，月生育率为９．７％。尚无前瞻性随机研究比较腹腔镜和开腹手术对于妊娠的影响。现有临床试验的荟萃分析表明，腹腔镜和开腹手术治疗内异症不孕的效果均优于药物和不治疗。Ａｄａｍｓｏｎ等报告，对于微、轻度内异症不孕病人手术治疗后，３年内的累积受孕率，腹腔镜与开腹手术无显著差异。对于中重度内异症，腹腔镜手术组的妊娠率高于开腹手术组。
