会引发习惯性流产的生理因素有三个方面：
一、染色体异常
46-54岁的自然流产与胚胎染色体异常有关。染色体异常包括数目异常和结构异常。数目异常包括染色体三体、单体。结构异常包括：染色体易位、嵌合体、倒置、缺失和重叠等。
二、母体生殖道畸形和结构异常
单角子宫、双角子宫、双子宫、子宫纵隔，可影响子宫血供及宫腔内环境，造成流产。由于刮宫过深造成宫腔外伤、感染等引起宫腔粘连和纤维化，可影响胚胎种植，导致习惯性流产。另宫腔机能不全，宫颈管过短，或宫颈内口松弛，是导致晚期习惯性流产的主要原因。另外子宫肌瘤也可影响子宫内环境，导致习惯性流产。
三、母体内分泌失调
1）黄体功能不足：孕激素偏低，可引起妊娠蜕膜反应不良，影响孕卵着床和发育，导致流产。
2）多囊卵巢综合征：患者高浓度的LH可能导致卵细胞第二次减数分裂过早完成，卵母细胞过早成熟，排卵时已“老龄卵”，从而影响受精和着床过程。
3）高催乳素血症：PRL可直接抑制黄体颗粒细胞增生和功能，HPRL的临床主要表现为闭经和溢乳，当催乳素处于正常值上限时则可表现为黄体功能不全。
4）生殖道感染：细菌、支原体、衣原体以及风疹病毒，巨细胞病毒、单疱病毒、人免疫缺陷病毒、弓形虫等均可导致流产。
5）自身免疫：自身免疫型的习流，主要与抗磷酸抗体综合症及相差的抗磷脂抗体（抗心磷脂抗体）有关。抗磷脂抗体综合征主要通过激活血管内皮和血小板等多种途径导致血栓、栓塞，也可通过直接损伤滋养叶细胞使胚胎受损，从而导致流产。
6）原因不明（同种免疫因素）：通过上述病因的筛查，排除以上病因的习流，临床上称为不明原因的习流，与同种免疫有关。
对于同种免疫的习流现代生殖免疫学认为：妊娠是成功的半同种移植过程，孕妇由于自身免疫系统产生一系列的适应性变化，从而对宫内胚胎移植物表现出免疫耐受，而不发生排斥反应，使妊娠得以继续。母体血清中，存在一种或几种能够抑制免疫识别和免疫反应的封闭因子，也称封闭抗体。如果出现免疫耐受状态失衡，胚胎可遭受母体的免疫打击而被排斥。导致流产。目前，比较常用检测封闭抗体的方法是微量抗丈夫淋巴细胞毒试验，阴性结果者表示女方血清中缺乏封闭抗体，易发生习惯性流产。
