女性生殖系统中的抗原包括来自男性的精液中的抗原(见本页以上部分)和女性自身的卵巢抗原。
1、近年来研究证实，女性生殖道粘膜局部具有产生抗精子抗体的能力。女性生殖道避部产生的抗体及血清中的抗精子抗体均可干扰生殖过程。其机理是：
①抗体能促进巨噬细胞的吞噬功能，以便从生殖道清除精子;
②适当补体存在的情况下，抗体对精子具有细胞毒性;
③局部抗体能干扰精子在生殖道内的能量;
④局部抗体能与卵曲细胞的成分发生交叉反应，抑制其发育;
⑤正常情况下，局部抗体在选择精子中起重要作用。
精液抗原使女性产生免疫反应后，女性器官并不发生病理变化。性交后，抗体攻击的靶子是进入生殖道中的精子。并且每闪性交进入生殖道中的精子都成为一种自然免疫增强剂，能够使抗精子抗体的效价维持在高水平上，从而持久地影响受孕能力。
2、女性自身的卵巢抗原主要是卵巢的特异性抗原，它可以对卵巢产生自身抗体，从而导致不排卵，引起不孕。Sacco等通过异种免疫方法发现卵细胞透明带、卵泡膜细胞和闭锁卵泡中均存有特异性抗原。已知在卵巢的全部抗原中，以透明带的免疫性为最强。透明带抗原中，以透明带的免疫性为最中。透明常抗原产生的透明带抗体不但能封闭透明带上的受体，阻止受精，而且还能抗着床，这也是女性自身免疫引起不孕的主要原因。
